Manny, Sid und Diego sind zurück für ein neues, großes Abenteuer! Die Eiszeit geht zu Ende, und eine große Flut kündigt sich an. Auf ihrem Weg zu einer rettenden Arche lernen sie neue Freunde kennen. Doch auf die Tiere lauern viele Gefahren: Wasser-Ungeheuer, eine Horde Zwergfaultiere und speiende Geysire! Werden sie das Schiff rechtzeitig erreichen?