Irgendwo zwischen den Wellen der Nordsee, so ungefähr zwischen Borkum und Juist, liegt eine winzige Insel. Auf dieser Insel lebt nur Lütje Strandpirat.
Am Strand entdeckt Lütje eines Morgens rätselhafte Spuren. Sie führen zu seinem alten Schiffswrack - und dort scheint es von nun an zu spuken.
"Der Klabautermann ist an Bord", stellt Kuddel, die Schiffsmaus, fest. Doch Klabautermänner sind unsichtbar. Gemeinsam überlegen Lütje und seine Freunde, wie sie den geheimnisvollen Gast sichtbar machen können. Sie wollen erfahren, wer sich hinter diesem guten Schiffsgeist verbirgt.